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debian/changelog
View file @ 039cf0dc
adapterremoval (2.3.1-3) unstable; urgency=medium
* Fix build on some architectures
Closes: #923772
* Set upstream metadata fields: Bug-Submit.
-- Andreas Tille <tille@debian.org> Fri, 10 Jan 2020 15:43:41 +0100
adapterremoval (2.3.1-2) unstable; urgency=medium
* Build-Depends: markdown instead of python-markdown
......
debian/patches/fix_conversion.patch 0 → 100644
View file @ 039cf0dc
Description: Fix build on some architectures
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/923772
Author: Andreas Tille <tille@debian.org>
Last-Update: Fri, 10 Jan 2020 15:39:08 +0100
--- a/src/alignment_tables.cpp
+++ b/src/alignment_tables.cpp
@@ -82,7 +82,7 @@ std::vector<phred_scores> calculate_phre
#endif
-const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = {
+const signed char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = {
0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
0x22, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
0x22, 0x22, 0x24, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
@@ -179,7 +179,7 @@ const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZ
0x7d, 0x7d, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e, 0x7e,
};
-const char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = {
+const signed char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE] = {
0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
0x22, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
0x23, 0x23, 0x22, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
--- a/src/alignment_tables.hpp
+++ b/src/alignment_tables.hpp
@@ -37,7 +37,7 @@ const size_t PHRED_TABLE_SIZE = 8836;
* Position is calculated as phred_1 * (MAX_PHRED_SCORE + 1) + phred_2,
* assuming that phred_1 >= phred_2.
*/
-extern const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE];
+extern const signed char IDENTICAL_NTS[PHRED_TABLE_SIZE];
/**
* Table of Phred scores to assigned for mismatching positions during collapsing.
@@ -45,7 +45,7 @@ extern const char IDENTICAL_NTS[PHRED_TA
* Position is calculated as phred_1 * (MAX_PHRED_SCORE + 1) + phred_2,
* assuming that phred_1 >= phred_2.
*/
-extern const char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE];
+extern const signed char DIFFERENT_NTS[PHRED_TABLE_SIZE];
} // namespace ar
debian/patches/series
View file @ 039cf0dc
......@@ -2,3 +2,4 @@ adapt-benchmarking.patch
reduce_benchmark_length.patch
delete_adapterremoval1x_completely.patch
2to3.patch
fix_conversion.patch
debian/upstream/metadata
View file @ 039cf0dc
......@@ -23,3 +23,4 @@ Registry:
Bug-Database: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/issues
Repository: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval.git
Repository-Browse: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval
Bug-Submit: https://github.com/MikkelSchubert/adapterremoval/issues/new