Commit fac5500e authored by Liubov Chuprikova's avatar Liubov Chuprikova
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Autopkgtest: check if NCBI is available to start testing

parent c44833bc

debian/tests/control

+1 −1
Original line number Diff line number Diff line 
Tests: run-unit-test

Depends: @

Depends: netcat, @

Restrictions: allow-stderr

debian/tests/run-unit-test

+16 −15
Original line number Diff line number Diff line
@@ -113,21 +113,22 @@ end_out="$(grep -c "<Object-id_id>${last_id}</Object-id_id>" dsRNA_viruses.xgs)" 
[ $end_in -eq $end_out ]





## _insdseqget_ and _idfetch_ testing requires internet connection.

## Uncomment the lines below to run the tests provided.

#grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt

###################################################################

#echo '---insdseqget test---'

###################################################################

#/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml

#[ -s insdset.xml ]

#check_GI insdset.xml GIs.txt

###################################################################

#echo '---idfetch test---'

###################################################################

#/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text

#[ -s idfetch.text ]

#check_GI idfetch.text GIs.txt

if nc -z -w 1 www.ncbi.nlm.nih.gov 80; then

	grep 'GI:' nc0225.gbk | head | sed 's/.*GI://' > GIs.txt



	##################################################################

	echo '---insdseqget test---'

	##################################################################

	/usr/bin/insdseqget -i GIs.txt > insdset.xml

	[ -s insdset.xml ]

	check_GI insdset.xml GIs.txt

	##################################################################

	echo '---idfetch test---'

	##################################################################

	/usr/bin/idfetch -G GIs.txt -o idfetch.text

	[ -s idfetch.text ]

	check_GI idfetch.text GIs.txt

fi





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