Redirect output of tests, just print test name, fix dirname

cd "${AUTOPKGTEST_TMP}"

cd pxaa2cdn_example && pxaa2cdn -a AA_Alignment.fa -n Unaligned_Nucleotide.fa -o CDN_aln.fa && cd ..

cd pxaa2cdn_example && echo pxaa2cdn && pxaa2cdn -a AA_Alignment.fa -n Unaligned_Nucleotide.fa -o CDN_aln.fa >/dev/null && cd ..

cd pxbdfit_example && pxbdfit -t bd.tre -m yule && cd ..

cd pxbdfit_example && echo pxbdfit && pxbdfit -t bd.tre -m yule >/dev/null && cd ..

# cd pxbdsim_example && pxbdsim -e 100 -s -b 1 -d 0.5 -o output_tree_file && cd ..

# cd pxbdsim_example && echo pxbdsim && pxbdsim -e 100 -s -b 1 -d 0.5 -o output_tree_file >/dev/null && cd ..

cd pxboot_example && pxboot -s Alignment -x 112233 -f 0.50 -o output_of_50_jackknife && cd ..

cd pxboot_example && echo pxboot && pxboot -s Alignment -x 112233 -f 0.50 -o output_of_50_jackknife >/dev/null && cd ..

cd pxboot_example && pxboot -s Alignment -p parts -o output_of_bootstrap && cd ..

cd pxboot_example && echo pxboot && pxboot -s Alignment -p parts -o output_of_bootstrap >/dev/null && cd ..

cd pxbp_example && pxbp -t Tree.tre -o bp_output && cd ..

cd pxbp_example && echo pxbp && pxbp -t Tree.tre -o bp_output >/dev/null && cd ..

cd pxcat_example && pxcat -s *.fas *.fa *.phy -p Parts.txt -o Supermatrix.fa && cd ..

cd pxcat_example && echo pxcat && pxcat -s *.fas *.fa *.phy -p Parts.txt -o Supermatrix.fa >/dev/null && cd ..

cd pxclsq_example && pxclsq -s Alignment -p 0.6 && cd ..

cd pxclsq_example && echo pxclsq && pxclsq -s Alignment -p 0.6 >/dev/null && cd ..

cd pxconsq_example && pxconsq -s Alignment && cd ..

cd pxconsq_example && echo pxconsq && pxconsq -s Alignment >/dev/null && cd ..

cd pxcontrates_example && pxcontrates -c contrates_file.txt -t contrates_tree.tre -a 1 && cd ..

cd pxcontrates_example && echo pxcontrates && pxcontrates -c contrates_file.txt -t contrates_tree.tre -a 1 >/dev/null 2>/dev/null && cd ..

cd pxfqfilt_example && pxfqfilt -s fqfilt_test.fastq -m 10 && cd ..

cd pxfqfilt_example && echo pxfqfilt && pxfqfilt -s fqfilt_test.fastq -m 10 >/dev/null && cd ..

cd pxlog_example && pxlog -t *.trees -i && cd ..

cd pxlog_example && echo pxlog && pxlog -t *.trees -i >/dev/null && cd ..

cd pxlog_example && pxlog -t *.trees -b 75 -n 2 -o some_output_filename && cd ..

cd pxlog_example && echo pxlog && pxlog -t *.trees -b 75 -n 2 -o some_output_filename >/dev/null && cd ..

cd pxlssq_example && pxlssq -s Alignment && cd ..

cd pxlssq_example && echo pxlssq && pxlssq -s Alignment >/dev/null && cd ..

cd pxlstr_example && pxlstr -t Tree.tre && cd ..

cd pxlstr_example && echo pxlstr && pxlstr -t Tree.tre >/dev/null && cd ..

cd pxmrca_example && pxmrca -t mrca_test.tre -m mrca.txt && cd ..

cd pxmrca_example && echo pxmrca && pxmrca -t mrca_test.tre -m mrca.txt >/dev/null && cd ..

cd pxmrcacut_example && pxmrcacut -t tree -m mrca_file && cd ..

cd pxmrcacut_example && echo pxmrcacut && pxmrcacut -t tree -m mrca_file >/dev/null && cd ..

cd pxmrcaname_example && pxmrcaname -t tree -m mrca_file && cd ..

cd pxmrcaname_example && echo pxmrcaname && pxmrcaname -t tree -m mrca_file >/dev/null && cd ..

cd pxnj_example && pxnj -s Alignment.aln && cd ..

cd pxnj_example && echo pxnj && pxnj -s Alignment.aln >/dev/null && cd ..

cd pxnw_example && pxnw -s Alignment.aln && cd ..

cd pxnw_examples && echo pxnw && pxnw -s Alignment.aln >/dev/null && cd ..

cd pxrecode_example && pxrecode -s Nucleotide.fa && cd ..

cd pxrecode_example && echo pxrecode && pxrecode -s Nucleotide.fa >/dev/null && cd ..

cd pxrevcomp_example && pxrevcomp -s Nucleotide.fa && cd ..

cd pxrevcomp_example && echo pxrevcomp && pxrevcomp -s Nucleotide.fa >/dev/null && cd ..

cd pxrls_example && pxrls -s SeqFile -c CurrentNames -n NewNames && cd ..

cd pxrls_example && echo pxrls && pxrls -s SeqFile -c CurrentNames -n NewNames >/dev/null && cd ..

cd pxrlt_example && pxrlt -t kingdoms.tre -c kingdoms.oldnames.txt -n kingdoms.newnames.txt && cd ..

cd pxrlt_example && echo pxrlt && pxrlt -t kingdoms.tre -c kingdoms.oldnames.txt -n kingdoms.newnames.txt >/dev/null && cd ..

cd pxrms_example && pxrms -s Nucleotide.fa -f taxa_to_delete.txt && cd ..

cd pxrms_example && echo pxrms && pxrms -s Nucleotide.fa -f taxa_to_delete.txt >/dev/null && cd ..

cd pxrmt_example && pxrmt -t rmt_test.tre -n s1,s6,s8 && cd ..

cd pxrmt_example && echo pxrmt && pxrmt -t rmt_test.tre -n s1,s6,s8 >/dev/null && cd ..

cd pxrr_example && pxrr -t rr_test.tre -g s1,s2 && cd ..

cd pxrr_example && echo pxrr && pxrr -t rr_test.tre -g s1,s2 >/dev/null && cd ..

cd pxs2fa_pxs2phy_pxs2nex_example && \

   pxs2fa -s Alignment && \

   pxs2phy -s Alignment && \

   pxs2nex -s Alignment && \

   echo pxs2fa && pxs2fa -s Alignment >/dev/null && \

   echo pxs2phy && pxs2phy -s Alignment >/dev/null && \

   echo pxs2nex && pxs2nex -s Alignment >/dev/null && \

   cd ..

cd pxseqgen_example && pxseqgen -t seqgen_test.tre && cd ..

cd pxseqgen_example && echo pxseqgen && pxseqgen -t seqgen_test.tre >/dev/null && cd ..

cd pxseqgen_example && pxseqgen -t tree_file -o output_alignment -m .33,.33,.33,.33,.33,.33,2,.3,.3,.2,.5,.4,.2 && cd ..

cd pxseqgen_example && echo pxseqgen && pxseqgen -t tree_file -o output_alignment -m .33,.33,.33,.33,.33,.33,2,.3,.3,.2,.5,.4,.2 >/dev/null && cd ..

cd pxsstat_example && pxsstat -s Alignment.fa && cd ..

cd pxsstat_example && echo pxsstat && pxsstat -s Alignment.fa >/dev/null && cd ..

cd pxstrec_example && pxstrec -d test.data.narrow -t test.tre -c config_stmap && cd ..

cd pxstrec_example && echo pxstrec && pxstrec -d test.data.narrow -t test.tre -c config_stmap >/dev/null && cd ..

cd pxsw_example && pxsw -s Alignment.fa && cd ..

cd pxsw_example && echo pxsw && pxsw -s Alignment.fa >/dev/null && cd ..

cd pxt2new_example && pxt2new -t Tree.nex && cd ..

cd pxt2new_example && echo pxt2new && pxt2new -t Tree.nex >/dev/null && cd ..

cd pxtlate_example && pxtlate -s Sequence.fa && cd ..

cd pxtlate_example && echo pxtlate && pxtlate -s Sequence.fa >/dev/null && cd ..

cd pxtscale_example && pxtscale -t Tree -s 2.0 && cd ..

cd pxtscale_example && echo pxtscale && pxtscale -t Tree -s 2.0 >/dev/null && cd ..

cd pxupgma_example && pxupgma -s drosophila.aln && cd ..

cd pxupgma_example && echo pxupgma && pxupgma -s drosophila.aln >/dev/null && cd ..

cd pxvcf2fa_example && pxvcf2fa -s vcf_file && cd ..

cd pxvcf2fa_example && echo pxvcf2fa && pxvcf2fa -s vcf_file >/dev/null && cd ..