README.md

-# SeqSero 1.0
+# SeqSero
 Salmonella serotyping from genome sequencing data
 
 

SeqSero.py

@@ -11,7 +11,8 @@ def main():
   parser = argparse.ArgumentParser(usage='SeqSero.py -m <data_type> -i <input_data> [-b <BWA_algorithm>]\n\nDevelopper: Shaokang Zhang (zskzsk@uga.edu) and Xiangyu Deng (xdeng@uga.edu)\n\nContact email:seqsero@gmail.com')
   parser.add_argument("-m", choices=['1','2','3', '4'],help="<int>: '1'(pair-end reads, interleaved),'2'(pair-end reads, seperated),'3'(single-end reads), '4'(assembly)")
   parser.add_argument("-i", nargs="+", help="<string>: path/to/input_data")
-  parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem'],default="sam",help="<string>: 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=sam") 
+  parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem','nanopore'],default="sam",help="<string>: 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=sam")
+  parser.add_argument("-d",help="<string>: output directory name, if not set, the output directory would be 'SeqSero_result_'+time stamp+one random number")
   args=parser.parse_args()
   dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))
   if len(sys.argv)==1:
@@ -19,6 +20,8 @@ def main():
   else:
     request_id = time.strftime("%m_%d_%Y_%H_%M_%S", time.localtime())
     request_id += str(random.randint(1, 10000000))
+    make_dir=args.d
+    if make_dir is None:
       make_dir="SeqSero_result_"+request_id
     os.system("mkdir "+make_dir)
     os.system("cp -rf "+dirpath+"/database "+make_dir)

database/FliC_Family_k,z_special_genes.fasta

@@ -46,7 +46,5 @@ GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCACGGATATTAAAACTGGCGTTGATGG
 GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCACGGATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGCTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGTGTCGATGCTGCTGATGTAGCTACG
 >fliC_z41_Salmonella.enterica_Ottawa_AY353510
 GATAGCAAAGCTGTTACTGCAACTCTTGATCTGGATGTGACAGATCTTGATACTAATGCTTTGAAAACCGCAACTGGGATCAGTGCAGGTAATCCTGCTGTTAAAGACGATAAAGTTTATTATGACAGCGCAAATAATAATTATTATGTAGAGGTTGAGGGCTTTACTGATAATACGAAAGATGGTTTCTACAAAGTTCAGGTTGGTGATGATGGCAAAGTGTCAATGGCCACAACTACCAATAAAGAAACAGCTACTCCTCCCGGAATTGTTGAAGTAAGTAAAACTCATGATGAGAAAGCTCTTAAAGCTTCTGCAGAGGTTAAAGCAGCTCTGATTGCTGGAGATATTGATACTGCTGATGCAGATGCTGCTGAAATG
->fliC_z44_Salmonella.enterica_Bulovka_AY353512_k,z
-CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGGCTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGATGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCAAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAA
 >fliC_z69_Salmonella.enterica_Pietersburg_AY353520
 GATAGTAAAGCTGTAACAGTAGCTGCTGATTTAGATATTACCGCTCTTAATACCGATGCAGCTCTTAAAGCAGGAACGGGAGCTACAACAGGTACTCCATCAATAAAAGATGACAAAGTTTATTATGATAGTGCCAGCAAAAACTACTACGTTGAAGTTACCGGATTAACCGCCCCTGATGATGCTAAGAATGGCTTCTATAAAGTAAATGTTGCTGATGACGGTACAGTATCCATGGCCGCTAATACAGCTATAGAGGCGGGTAAACCAGCCGGTGCAGTAGAAGTAACAAAAACTCAAGAAGAAAAAAACCCATTACCATTATCAGCAGATCTCAAAACTTCTCTTAAATCTGGCGAGATTACAGATCCAGACATT

database/FliC_Family_l,v_special_genes.fasta

@@ -6,8 +6,6 @@ AATACCACTGGTCTTAATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAACGGTACTGCTGCAATTAAGGATGG
 AGTACCACTGGTCTTGATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAGCGGTACCGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTTGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTTGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGGCAACCACG
 >fliC_l,z13_Salmonella.enterica_Kenya_AY353449
 AGTACCACTGGTCTTGATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAGCGGTACCGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTTGATGCAACTGATAATAAATATTTCATTGAAGTTGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGGCAACTACG
->fliC_l,v,z13_Salmonella.enterica_Kimberley_AY353448
-AATACCACTGGTCTTAATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAACGGTACTGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTCGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTAGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGGCAACCACG
 >fliC_l,w_Salmonella.enterica_Glidji_AY353447
 AATACCGCTGGTCTTAATGATACAGCTCTTAAAGCGGGTGTTGGTGGTGCAACAAACGGTACTGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTCGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTAGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGGCAACCACG
 >fliC_l,z28_Salmonella.enterica_Javiana_AY353455

database/FljB_1_2_7_whole.fasta

 >fljB_1,5_Salmonella.enterica_IIIb.61:k:1,5_AY353278
 ATGGCACAAGTAATCAACACTAACAGTCTGTCGTTGCTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCACTGGGTACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTCACTGCGAACATCAAAGGCCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATTTCTATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCTATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGTCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTTCTGGCGCAGGATAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAATGACGGTGAAACCATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACTCTGGGTCTGGATACGTTGAATGTGCAAAAAGCGTATGATGTGAAAGATACAGCAGCAACAACGAAAGCTTATGCTGATAATGGTACTACACTGGATGTATCAGGTCTTGATGATGCAGCGATTAAAGCGGCTACGGGTGGTACGACTGGTGCGCCTACTGTAACGGGCGGTGCGGTTAAATTTGACGCAGATAATAACAAGTACTTTGTTACTATTGGTGGCTTTACTGGTGGTGATGCTGCCAAAAATGGCGATTATGAAGTTAACGTTGCTACTGACGGTAAAGTAACACTTGCGACTGGTGCAACTAAAACCACAATGCCTGCAGGTGCTACAACCAAAACAGAAGTACAGGAATTAAAAGATACACCGGCAGTTGTATCAGCTGATGCTAAAAATGCTTTAATTGCTGCTGGCGTTGATACTACAGATGCAAATGCCGCGACATTGGTCAAAATGTCTTATACCGATAAAAATGGTAAGACAATTGAAGGCGGTTATGCGCTTAAAGCTGGCGATAAATATTACGCTGCTGATTACAATGAAACTACAGGAGCTATTAAAGCTAAAACCACAAGTTATACTGCTGCTGACGGTACTACTAAAACGGCGGCTAACCAACTTGGTGGCGCAGACGGTAAAACCGAAGTCGTTACTATCGACGGTAAAACCTATAATGCCAGCAAAGCTGCTGGTCATGATTTCAAAGCACAGCCAGATCTGGCTGAAGCAGCCGCTAAAACCACCGAAAACCCGCTGCAGAAAATTGATGCTGCGCTGGCACAGGTTGACACGTTACGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTTAATTCCGCCATCACCAACCTGGGCAACACCGTAAACAACCTGACTTCTGCACGTAGCCGTATCGAAGATTCTGACTACGCGACTGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCGGGGACTTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTCCCACAAAACGTGCTGTCTCTGTTACGTTAA
+>fljB_1,5_Muenster_DTU-unknown_another_1,5
+ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCTCTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTTACCGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGCCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAACGACGGTGAAACTATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGCCTGGATTCACTGAACGTGCAGAAAGCGTATGATGTGAAAGATACAGCAGTAACCACGAAAACTTATGCCAATAATGGTACTACACTGGATGTATCGGGTCTTGATGATGCAGCCATCAAAGCGGCCATAGGTGGTACGACTGGTACGCCTGCTGTAACGGGCGGTACAGTTAAATTTGACGCAGATAATAATAAGTATTTTGTTTCTATTGGTGGCTATACTGGTGCTGATGCATCCAAAAATGGCGATTATGAAGTTAACGTTGCTGCTGACGGTAAAGTTACACTTGCTACAGGTGCAACTAAAACCACAATACCGGCAGGTGCGACAACTAAAACAGAAGTACAGGAGTTAAAAGATACACCAACAGTTGTTTCAGCAGATGCGAAAAATGCCTTAATCGCTGGCGGCGTGGATGCTACCGATGCTAATGGCGCTGAGTTGGTCAAAATGTCTTATACCGATAAAAATGGTAAGACAATTGAAGGCGGTTATGCGCTTAAAGCTGGCGATAAGTATTACGCCGCAGATTACGATGAAGCGACAGGAGCAATTAAAGCTAAAACCACAAGTTATACCGCTGCTGACGGCGCTACCAAAACAGCGGCTAACCAACTGGGTGGCGTAGACGGTAAAACCGAAGTCGTTACTATCGACGGTAAAACCTACAATGCCAGCAAAGCCGCTGGTCATGATTTCAAAGCACAACCAGAGCTGGCTGAAGCAGCCGCTAAAACCACCGAAAACCCGCTGCAGAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAGGTGGATGCGCTGCGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTTAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAATACCGTAAACAACCTGTCTGAAGCGCGTAGCCGTATCGAAGATTCCGACTATGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCCGGTACTTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA
 >fljB_1,7_Salmonella.enterica_Bredeney_AY353296
 ATGGCACAAGTAATCAACACTAACAGTCTGTCGCTGCTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCACTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTTACCGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCCTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGCCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGCCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAACGATGGTGAAACTATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATTCACTGAACGTGCAGAAAGCGTATGATGTGAAAGATACAGCAGTAACAACGAAAGCTTATGCCAATAATGGTACTACACTGGATGTATCGGGTCTTGATGATGCAGCTATTAAAGCGGCTACGGGTGGTACGAATGGTGCACCTAGTGTAACAGGTAGTGCGGTTAAATTTGACGCAGATAATAACAAGTACTTTGTTACTATTGGTGGCTTTACTGGTGCTGATCTCGACAAAAATGGCGATTATGAAGTTAACGTTGCTACTGACGGTACAGTAACCCTTGCGGCTGGCGCAACTAAAACCACAATGCCTGCTGGTGCGACAACTAAAACAGAAGTACAGGAGTTAAAAGATACACCGGCAGTTGTTTCCGCAGATGCTAAAAATGCCTTAATTGCTGGCGGCGTTGACGCTACCGATGCTAATGGCGCTGAGTTGGTCAAAATGTCTTATACCGATAAAAATGGTAAGACAATTGAAGGCGGTTATGCGCTTAAAGCTGGCGATAAGTATTACGCCGCAGATTACGATGAAGCGACAGGAGCAATTAAAGCTAAAACCACAAGTTATACCGCTGCTGACGGCACTACCAAAACAGCGGCTAACCAACTGGGTGGCGTAGACGGTAAAACCGAAGTCGTTACTATCGACGGTAAAACCTATAATGCCAGCAAAGCCGCTGGTCATGATTTTAAAGCACAGCCAGAGCTGGCTGAAGCAGCCGCTAAAACCACCGAAAACCCGCTGCAGAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAGGTGGATGCGCTGCGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTTAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAATACCGTAAACAACCTGTCTGAAGCGCGTAGCCGTATCGAAGATTCTGACTATGCGACCGAAGTTTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATCCTGCAGCAGGCCGGTACTTCCGTTCTGGCACAGGCTAACCAGGTCCCGCAGAACGTGCTGTCTCTGTTACGTTAA
 >fljB_1,2_Salmonella.enterica_Typhimurium_AY353264

database/H_new_fliC_protein_database.fasta

@@ -302,8 +302,6 @@ MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEG
 MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTATLDLDVTDLDTNALKTATGISAGNPAVKDDKVYYDSANNNYYVEVEGFTDNTKDGFYKVQVGDDGKVSMATTTNKETATPPGIVEVSKTHDEKALKASAEVKAALIAGDIDTADADAAEMVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDNYYAATQKKDGSFSVNTTSYTDKDGNTKSALNQLGGADGKTEVVSIDGKTYNASKAAGHNFKAQPDLAEAATATTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR*
 >z41__Salmonella.enterica__Maska__AY353511__k,z
 MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTATLDLDVTDLDTNALKTATGISAGNPAVKDDKVYYDSANNNYYVEVEGFTDNTKDGFYKVQVGDDGKVSMATTTNKETATPPGIVEVSKTHDEKALKASAEVKAALMAGNIDTADADAAEMVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDNYYAATQKKDGSFSVNTTSYTDKDGNTKSALNQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAEGHNFKAQPELAEAATATTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR*
->z44__Salmonella.enterica__Bulovka__AY353512__k,z
-MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDSLNVQKAYDVQATVENSVKLDTSALTADAIKGGVTGATTAGALKDGKVYSNGTDYYVEVSFADAADSGKNGFLKVDVNTTTGAVTVPAAANTVAAKPAGVSEVTEVQGLNTPSSAVQDQLTAAGVSAADAAKSEVVKMSYTDKNGKTIDGGFGIKVGDDIYAATKNKDGSISINATEYTDKDGNTKTALNQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAQPELAEAAAKTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR*
 >z44__Salmonella.enterica__Quinhon__AY353513__k,z
 MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTGVSTLDTTGLTGTDIKTGVDGATTTSDSIKDGKVYYDGAAKNYYVEVDFSDTAKNGYYKVNVADDGTVTMGASTTKEPAKPAGVVEVTKTQEEKAIKTSAEVKAALTAGGVDTADVATAEMVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDSYYAATQKKDGSFSVNTTSYTDKDGNTKSALNQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAQPELAEAAAKTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR*
 >z47__Salmonella.enterica__IIIb.38:z47:z53__AY353514__other.z47

database/special_O_genes.fasta

@@ -89,6 +89,8 @@ ATGTCGTACAAAAGTAATAATTTCTATAGAAATATACTTTTATTGAGTTTTTTCTTTTCTGGCTTTAGCTTGTATACTGT
 ATGATTGAAGGATATGTAGTATATAATAGTATTTTTCTTCTTGCCTTACTATTTGGCTTTATGAAGAATTACTGTCTTCGGAAATATTTTTTATTATGCTTATTCCTTGTCTTATGGGTTCCACTTGCCACTCGTTATGGCATTGGTCGTGACTATTTTAGCTATGTTGATATTTATAAAAATGTGTTAGTTACCAGAGATGGTATTGAAGTAGGTTTTTATTATCTAAATTATCTGTTGGCATATTTTGGTTTCCATTATCAATCTATATTTATATTGACATCTTTTATTACTGTCTATTTAAGTGTTAAAAGTTTTGATAGAGAATATACAATAGTATCAATTATATTATTTGGGGTTTTGGTTTACTTACAGGCGTTTAGTATTGTTAGGCAAATGCTTGCTGTAGCCTTATGTCTTTATAGCTGTTCGTTATGGAATAAAGGTGTTAAGGTTAAAGCAATTATTTTTCTTATGCTGGCACCTTTGTTTCATTATTCTGCTGTAATAATATTTATATTGGCAATAATTAGCAGATGTGTTAAAATCGATACGTTTAAATGTCTTGCTATGTTAGGGCTTAGCCTTATTTTTGTTTTTGTATTTAATGGGATCGATTTTATATTTTCAAATCCTATACTATTAAATAGTAAGTATGGATATTATGTAACATCAGCCTTTAACAGACCGACTGAAATAGGTTCAGGCATTGGAGTGGCAATAGCATTATTTCTTCCATTCTTGATTTTTATGAAAGCATCAAAAATATATAAACATAATAAAAATTATAATCTGATGCTATTAATAAACCTTGTATATGTTGTTTCATTTGTTTTATCTTTGAAAATATATATATTCGCCAGATTCACTGATGCGCTATCCTTTGTCCTGATATTACTTATCCCTGCTGCTCTTAAAATATCAAATACTAGAGGCCTATATTATAACTGTATGTTATCTGTTGTTATTCTTCACATTATGCTATTTGAAGTAAATCTTAAAGCAAATACAATTGCAGCTGGAGATATGTCTAATAGCGGGCTTGGAATCATGCCGTATAGCAACATAATAAACGCACATATGCTAAAATACTAG
 >O_48_wzy
 GTGATTATAAAGAAGAATAAATTTGTTTATTCGGTACTTAAAGTCTGGTTAATAGTCTCTTCATTGTATTATTTAAATGCTATTTTTTCCGGTGTTGATGCGTTAAAATATAATGAAGATTTGACGCAAAAGTTCATCAAATATGCAATATGTTTTATAATAAGTTTTTTTATTCTGTTCAATAGTAAACGAGTCAAATTTTTGGGGGCTTCGTTATTTTTCATAATCCTTTCGGTAGCTTCAGTAGTTATTGGTAATGTAGTAACGGTATATGCTACCGCGATGCTGATAATTGCTACCATGGTTGGTTTCAGCCAAATTATTCTTTATTTTTCTAATGATATGTCGAAGATTAATATGGTTTTATTATGGACTGGAATTATAATAGGCGCCATTTCTGTATTAGAATTAACAGTATTCTACGATTATATGGTCTCATATTGGGTTTCGACTGGTGGAGTCCGATCAATATCTTCTCTTCTTAATCCTACAAATAGCGGGGCTTATTCAGCGATTATAATTTTAATTGCTTTAGGGACTAATATAAGGAGTAAATTTAAGAGAACTTTATTTGCTTTAATGCCAATGATTACTTTAATCAGCAGCGGATCACGTACAGCATGGTTATCATTAGCATTAACATTATTATTGACGGTATTATTAAATGATAAGGCTAGTATACGATTACGGAAAAAAATATTAGCTATTGCAGGTATTGGAGCTATTTGTGGTGTGTTATATGTAGCATTTTATATGAGTAGTATCTCTGGTATTCAATCCCAACATCGAGGGCTTGATACATATACCGCATCAATTCGAGTTGAAAACTTTATAACATATATGAATTCAATTGATTTTGATATGTTATTACCTGATTTCCTTGATAAAAATATTAACCTTATATCAGATAATTTTTATCTAGTGTTATTAAATTATTTTGGAATTATTGGGGGTTATATTGTTTTTTTTATTTCAGTATTATTATTCTATTATAATATGCAAACAAAGGATTTTGATAAAAATATAGATGAAAGTATTTCTGTTTGGAGAGTGATATTCATCTATTTTCTGATATCTGGACTTTCAAACTCATTCATAAATTCTTTTCCTGTAAACCAACTATTTTTTATCTCATGCGGGTATTATGTGTATAAATATAACTTAATAAAGAAAAATGCTGGAAAGCAAATATGA
+>O_48_unknown-from-cdc-new-genomes-sequence
+CTGCAGCAAGCTCCTGAAGCTTATCCCCACCTTGAGCACCAAATTTCCAATTTTGTAAAATGTTACTCTTAAAGTTGCTACAATAATCACACTCTCCACTATTATCAAAAACTATGTTAGGATCAGATGTATCCATAATACAATGGCTACAAACTTTATAACTTTGATTTTCCATGTTCCCCCCTATTTAAAATGACTTTCATAACAATTTCATTAATTTCTTCTGTTTGTACTACATGTAATCCATGAAATAACACTAGTGTTCCCATTTCTTCATATTTATATGCAAGAGTTGATGGATATGAGATAACTACATCAACCTTAGGAAAAAAGTTATCGTCTATAATAAAATTGAATTTAAATTGCCTGACTTTTGAGGAAGCTCTTGCCTTAGGATGCTCTTTATAATAAATAGAACAATTTTCAATTTGTTGATTAATTAGAGAGCAAATTTTTAGCTGACCTTTCTCACACAATGAATGCCCAATAACTAACAATGTTAGCTGGTTCGATGATACTTGAGTAAGGGACAACATAGGTTTACTATATTCCACCTTTATAATTTCGGCCAAATTATAATCCAGTATGTTGTTTATAAACAATTGAAATTCAACTTCATCGAAAACAATTATTTTATCCAAATGCTTTAATTTATATGGTATCTTAAAAAGTAAATAGGCACTTGAATCAAGGGCTCTCAAAGATCCATGCTGGATAAGAGTATATTGAATTCCTTTTTCTCCTAACATTGAATCAATCAGGACCGCCCAACGATCATAATGTTCACTACTTATAACCTTTCCTTGTATTCTATTCATCACTAATGCGACAAGGAACCAAGATGGAGCTGTGTATATTTGCAGGCACCATTTGATAGTATGCTTCGATTTAAAAAAATAGAAAAACGCAAATATGCTTAGCAACATGCTTTTGAAAATATCTAAATACGAAGCCATCTCATAAATTGAAATAACTGTAGCATCACTTCTATCATTACACGATGATAATTTAATAACATTTAACTTTTTTCCATCCGAAATTTTACTATTATAATAATTAATTGCTTGCTCCGTACCTATTTCAGCGAATGAAAAATAGTAAAAGTCGCTTCTATCAATCAATTTATTTTTATCTGTAATTATTTTTTTGTATAATGCAACTATACATTTTAATATAGGATAAAATATAAACCCCCCTAATATGAAGAAAATCATAAGAGAGATATATCCCCCCCACAATTTATGCCTCCCATATGCCCATTTGCTGATCCGAGGTAATGGTGGTATTCTACCTTTCATGCCAGCGATCAACAATTTATCAATAGAGATTTCATTTTCCGTAGCTAACATATAGTAGCGTAAATATGTTTTATAAGAAATTCTCATCCGACATGCCCGTCATTAATAATATGTAGACGCTCTAATTAATAATCAATTATTGACTTTTTTAGAGATATTTGTAACTAGTTAACATGAAAAATTCATATAAAAATGCTAAGTCATCTTCTTATTTATATTTTTCTTGTTGACTAAATAAATTATCGATATAAAAATCATAACTGCTGACGGTGTAAAATACCCAGAACCTCTTAGCAAAAAATATATTATGCTCATTATTAAAACTATACTAAAAAACTTTATTTTTTTGTCATTGCATTTAAACCGCATGACACCTAAAAATAATGTATAAAGAAAAAAAATGCCCCCTAAGATACCAAATTCAACAATCAATTTAGAAATAAATAGTCCACCATCATATAAGTTAGAATCTGTATTCCCTCCCCTTAACCGCCCAATGATTGATACAAACTCTCCTCTTTCATTTGCATATCCCATATTTTGTAAACCATAACCAAGGCCATAGCTATCTCGCAACGCTAGATATGCTTGTTCATATCCAGATAATAAAGTTAATGTTGATGTATTTTTCGATTCTTGGCTTATATCTAATCGTTGCGAATAATAACTTAGTTTATCAATAGGTAAGATTCCAGCAATCAGCATACACGATGAAGATACGCAAATCATAATAATGAACATTGATTTAACTCTCATATAGTTTATAGCTATCGCTACAACAATACCTATAATCAATGTTAAATTCTGGACAATAAGAGCCGTAAATAAAAGAGGAATTCCATAGAGCAAATTTAATTTTTTCTGAGATATCTTATAGCAATAAAAGATTGTAACTATTAGTGCATAATGAGAGGGCTCAGTAAAAAACAACATTTCCTTTGAAGTGCTACTGCTTGATAATATAAAAAGAGATGACAATACCCCCAAAGCTATTAGTAATTTAAATAATTTTGATACTATTCTATCAAACTCCTGGTGAGTAATATTATCAATTGCCACCGATGAAAAATAACATGCGAGTAAAATATAAAATAAGAATAACAATGATGTAATATTCTTAGTGAAAGTAGTATTACCATTCTGAAATAGTAGACTACTTAACCCAAAATGAAACAATATTAGAAAAAAACTAATAACACTAAAAATTAAAAATGAATAACTTATAGTTAATTTATTAAAGCCAGAAATAACCACTAAAAATAATATTATAGTTGATATAAAGAAAATACCAATGAAATTCGAACCAACTTTATCATTTAACACCATTAACAGGCCTGGAACCAGCACCATTCCATAAAAAAATATTGAGGTCAGAACTTTATTAGTATTAAATTGCATTATAGTTAAACCTTATTATTCCTTTTAATTACAATAAAAAATTATATAGCATAAGTATTTTAATTTAAAACAATTAAACTTTTCGTACTTTTCGTAGTTCATGCTTTTAATAATAAACTATGTATCTCACCGAGAAATTCGCTATAACAAACGTAACACTATGCATTTTATATCTATATAAAATACAATAGGTAAGATATCATCTATTAGAATAAAATAAACTCTCGCCGGCAGATCGTCTAATTATAACCAAGAGTTTTATAAACATAGCCAGCTTTAAAAATAATAAAACTGAAAAAGAAATAATCATACCATAAGCAATGTAATTAATATTCGCGACCTTAAGTGCAATATAAAGAAAAGATGAAAACAGTAAAAAAGTTAAACACTGGCTCCAGACTATCATTTTATCTTTTCTTAGTGCATACAGACCCAGATGTGGTATAAGGCTTAAACAATATATAAACGTCGCCACAATTAGCAACTGAAATAGTGGAAGTAATTCCCAATATTCGATCTTTCCAATCCACTGAATGAGGATATAACCGGTAAAAAAACAACAAATACATAACAGAAGCGACACTGCTATTAATTTGAATGCGAATGACTTCATTCCAGCGATGAATCCAATGTAGTCCTTTCGATAACACAATTTTGCCAATTTTGGGAATGAAAAAGATATTAGGATCGTATCGAGGAAAGATTGTATAGCCGCCGTCATACTAATAAACAAAGTATATACACCAAGGATCTTTAGTCCAGCAATATGTTCAACGGCAAACCTATCAAATGTAAAAAAACCTCTGAGCGCCAAAGCGGCAATTAGCATTGGTGCGGAAAGGATAATTCCTCTCATTATCCAGCGCCAGCTAAATGGCGATGTAAACTTCCGTTTATTATTTTTTAGAATATAAAAAAAGCCCATTGCACTAGCACAGAATGTACCAAATAGCCATAATGTAAATACAATAAATAGATTTCTTGACGTAGGAAATAATAGCATAATGGCTATCACGAGCCAGCACCAAAGTCCTTGTCGTATAAACAACACAAGACTTGCGAAAGCTTGATTCTCGAGAGTTATTAATATTCTATTAATTTCTTGAGCTATATGTTCAAAAAAGAGAATAGCAAGAAACCAGTACTCACTTCCGTGGGGAAGAAAGGAATAATGTTGGATAACAATAAAAATGGGGATATAAAATATATATGATAATACATAAAAAAATGACTGATTTTTTAAAATAAAAAAAAGATCGTCACTTTTTGAGTTTATTATCTCTCTAGTACTATAAGTATAAAATTCAAATCCAATAGCAAAAATTGCGTAGCCCACAGCGGCGCTTATAAGACCATAGACTCCCAAATCTGATGATTGCAACAATTTTGCTAATAAAATTATAAACACAAACTTGCTTATCAAAGTAAAGCCACGTATACCTATACTTAAATAATATATAAAAAGAGATTTTTTCATTTGAATAAGCCAATAATGCTTAAAAATATCGTTAACATAATATTAAAAATAGGCCATATACTAATAGATAGCTTTTTAGAAGTTTACAGATCATAGAATGCTTTGAAGCCTAGATTAGCAGGATCATTTGATAAAAATGCTTTAATTATATCCACAATTCTATCTTTTACATTTTCCATAAAATATGGGTTTTTAGAGCTTTCTAGCTTAGAAATAAAAACTTTATCAGTCACACTCGAAATAGCTTCACGTATAGCATTTTTTTCACAAATAGTATCGACAACGCTTTCACCACGAATGCGCC
 >O_4_wzx
 GTGAAAGTTCAATTGTTAAAAATTCCGAGTCATTTAATTGTTGCAGGTTCATCATGGTTATCCAAAATAATAATTGCCGGGGTGCAGTTAGCAAGTATTTCATATCTTATTTCTATGCTAGGTGAAGAGAAATATGCAATCTTTAGTTTGTTAACTGGTTTATTAGTATGGTGTAGCGCTGTTGATTTTGGCATAGGTACAGGACTGCAAAATTATATATCAGAATGCAGAGCCAAAAACAAAAGTTATGATGCATATATTAAATCAGCATTACATCTAAGCTTTATAGCTATTATTTTTTTTATTGCTTTATTTTATATTTTTTCTGGGGTAATTTCCGCTAAATATCTTTCTTCTTTTCATGAGGTATTACAGGACAAAACCAGAATGCTCTTTTTTACCTCATGTCTGGTTTTCAGTTCTATTGGAATCGGAGCTATTGCTTATAAAATACTTTTTGCCGAATTGGTCGGGTGGAAAGCTAATCTATTAAACGCATTATCTTATATGATAGGTATGCTCGGCTTGCTATATATATACTATAGGGGGATCTCAGTTGACATAAAATTATCACTAATAGTCCTGTATCTTCCAGTGGGTATGATTTCATTGTGCTATATTGTATATAGATACATAAAGCTTTATCATGTTAAAACAACAAAATCTCATTATATAGCAATTTTACGTAGATCTTCAGGGTTTTTTCTTTTTACTTTATTATCGATAGTGGTGCTTCAAACAGATTATATGGTCATTTCTCAAAGGCTAACTCCTGCTGATATTGTTCAATATACAGTAACGATGAAAATTTTTGGTTTAGTCTTTTTTATTTATACTGCTATTTTGCAAGCATTATGGCCTATATGTGCTGAATTGAGAGTCAAACAGCAATGGAAAAAACTTAACAAAATGATAGGTGTCAATATTTTGCTTGGCTCACTATATGTTGTTGGATGTACAATATTTATTTATTTATTTAAAGAACAGATATTTTCAGTAATAGCCAAAGATATTAATTATCAAGTTTCTATTTTATCTTTTATGTTAATTGGCATATATTTCTGTATTCGCGTTTGGTGTGACACTTATGCAATGTTATTGCAAAGTATGAATTATTTAAAAATACTTTGGATATTAGTACCACTACAAGCAATAATTGGTGGAATAGCACAATGGTATTTTTCTAGTACGCTTGGAATCAGTGGAGTGCTGCTTGGCTTGATTATATCTTTTGCTTTAACTGTTTTTTGGGGGCTTCCACTAACTTACTTAATTAAGGCAAATAAGGGATAA
 >O_50_wzy

database/special_new_O_genes.fasta

@@ -104,6 +104,8 @@ ATGATTGAAGGATATGTAGTATATAATAGTATTTTTCTTCTTGCCTTACTATTTGGCTTTATGAAGAATTACTGTCTTCG
 GTGATTATAAAGAAGAATAAATTTGTTTATTCGGTACTTAAAGTCTGGTTAATAGTCTCTTCATTGTATTATTTAAATGCTATTTTTTCCGGTGTTGATGCGTTAAAATATAATGAAGATTTGACGCAAAAGTTCATCAAATATGCAATATGTTTTATAATAAGTTTTTTTATTCTGTTCAATAGTAAACGAGTCAAATTTTTGGGGGCTTCGTTATTTTTCATAATCCTTTCGGTAGCTTCAGTAGTTATTGGTAATGTAGTAACGGTATATGCTACCGCGATGCTGATAATTGCTACCATGGTTGGTTTCAGCCAAATTATTCTTTATTTTTCTAATGATATGTCGAAGATTAATATGGTTTTATTATGGACTGGAATTATAATAGGCGCCATTTCTGTATTAGAATTAACAGTATTCTACGATTATATGGTCTCATATTGGGTTTCGACTGGTGGAGTCCGATCAATATCTTCTCTTCTTAATCCTACAAATAGCGGGGCTTATTCAGCGATTATAATTTTAATTGCTTTAGGGACTAATATAAGGAGTAAATTTAAGAGAACTTTATTTGCTTTAATGCCAATGATTACTTTAATCAGCAGCGGATCACGTACAGCATGGTTATCATTAGCATTAACATTATTATTGACGGTATTATTAAATGATAAGGCTAGTATACGATTACGGAAAAAAATATTAGCTATTGCAGGTATTGGAGCTATTTGTGGTGTGTTATATGTAGCATTTTATATGAGTAGTATCTCTGGTATTCAATCCCAACATCGAGGGCTTGATACATATACCGCATCAATTCGAGTTGAAAACTTTATAACATATATGAATTCAATTGATTTTGATATGTTATTACCTGATTTCCTTGATAAAAATATTAACCTTATATCAGATAATTTTTATCTAGTGTTATTAAATTATTTTGGAATTATTGGGGGTTATATTGTTTTTTTTATTTCAGTATTATTATTCTATTATAATATGCAAACAAAGGATTTTGATAAAAATATAGATGAAAGTATTTCTGTTTGGAGAGTGATATTCATCTATTTTCTGATATCTGGACTTTCAAACTCATTCATAAATTCTTTTCCTGTAAACCAACTATTTTTTATCTCATGCGGGTATTATGTGTATAAATATAACTTAATAAAGAAAAATGCTGGAAAGCAAATATGA
 >O-48_wzy-from-blake-2014K-0232
 GTGATAATAAAAAAGTACAAAATTTTTTATTCAGCACTTAAAGTCTGGTTAATAGCCTCTTCATTGTATTATTTAAATGCTATTTTTTTAGGTGTTGATGCTTTAAAATATAATGAAGATTTGACGCAAAAGTTCATCAAATATGCAGTTTGTTTCATCATAAGCATCTATATTCTGATCAATAATAAACGAGTCAAATATCTGTGGGCTTCATTTTTTTTCATAATTCTTTCTGTAGCTTCAGTAGTTATTGATAGTGTTGTAACGGTATATGCAACCACGATGTTGATAATTGCTACCATGCTTGGTTTTAGCCAAATCATTGTTTATTTATCCAATGATATGTCGAGAATTAATATTGTTTTATTATGGACAGGTGTTATTGTAGGCACAATTTCTGTGTTAGAGCTGACTGTGTTCTACGATTATATGGTTTCATATTGGATTTCGACTGGCGGAATTCGATCAATATCTTCCCTTCTGAATCCTACAAATAGTGGAGCTTACTCAGCGATCATAATTTTAATTGCTTTAGCGACTAATATAAAGAATAAGTTTAGGAAAAGTTTATTTGTTTTAATGCCAATGATTACTTTAATCAGTAGTGGATCACGCACCGCATGGTTATCATTAGCATTAACATTGTTATTGACAGTATTGTTAAATGATAAGGCTAGCATACGATTACGGAAAAAAATATTAGCTGTTGCAGGTATTGGAGCTATTTGTGGTCTATTATATGTAGTATTTTATATGAATGCTACCTCTAGCATTCAATCTCAATATCGAGGACTTGATACATATACCGCATCAATTCGGATTGAAAACTTTATATCGTATATAAATTCAATTGATCTTTGCATGTTATTTCCTGATTTTTTTGACAAAAATATTATTCTTATATCAGATAATTTTTACCTTGTTTTATTAAATTATTTTGGGATTATTGGTTTTTATATTATTCTCTTAATGTCAATGTTGCTATTCTATTGTAATGTACAGATAAAGGATTTTAATGATATTATAAATGAAGATATTGCTATTTGGAGAGTAATCTTTATCTATTTTTTGATATCTGGTTTTTCAAACTCATTTATAAGTTCTTTTCCTGTAAACCAGCTATTCTTTATCTCATGCGGGTATTATGTGTATAAATATAAGTTAATAAAAGAAAATGTTGGAAAGTAAATATGA
+>O-48_unknown-from-serveral-cdc-new-genomes
+CTGCAGCAAGCTCCTGAAGCTTATCCCCACCTTGAGCACCAAATTTCCAATTTTGTAAAATGTTACTCTTAAAGTTGCTACAATAATCACACTCTCCACTATTATCAAAAACTATGTTAGGATCAGATGTATCCATAATACAATGGCTACAAACTTTATAACTTTGATTTTCCATGTTCCCCCCTATTTAAAATGACTTTCATAACAATTTCATTAATTTCTTCTGTTTGTACTACATGTAATCCATGAAATAACACTAGTGTTCCCATTTCTTCATATTTATATGCAAGAGTTGATGGATATGAGATAACTACATCAACCTTAGGAAAAAAGTTATCGTCTATAATAAAATTGAATTTAAATTGCCTGACTTTTGAGGAAGCTCTTGCCTTAGGATGCTCTTTATAATAAATAGAACAATTTTCAATTTGTTGATTAATTAGAGAGCAAATTTTTAGCTGACCTTTCTCACACAATGAATGCCCAATAACTAACAATGTTAGCTGGTTCGATGATACTTGAGTAAGGGACAACATAGGTTTACTATATTCCACCTTTATAATTTCGGCCAAATTATAATCCAGTATGTTGTTTATAAACAATTGAAATTCAACTTCATCGAAAACAATTATTTTATCCAAATGCTTTAATTTATATGGTATCTTAAAAAGTAAATAGGCACTTGAATCAAGGGCTCTCAAAGATCCATGCTGGATAAGAGTATATTGAATTCCTTTTTCTCCTAACATTGAATCAATCAGGACCGCCCAACGATCATAATGTTCACTACTTATAACCTTTCCTTGTATTCTATTCATCACTAATGCGACAAGGAACCAAGATGGAGCTGTGTATATTTGCAGGCACCATTTGATAGTATGCTTCGATTTAAAAAAATAGAAAAACGCAAATATGCTTAGCAACATGCTTTTGAAAATATCTAAATACGAAGCCATCTCATAAATTGAAATAACTGTAGCATCACTTCTATCATTACACGATGATAATTTAATAACATTTAACTTTTTTCCATCCGAAATTTTACTATTATAATAATTAATTGCTTGCTCCGTACCTATTTCAGCGAATGAAAAATAGTAAAAGTCGCTTCTATCAATCAATTTATTTTTATCTGTAATTATTTTTTTGTATAATGCAACTATACATTTTAATATAGGATAAAATATAAACCCCCCTAATATGAAGAAAATCATAAGAGAGATATATCCCCCCCACAATTTATGCCTCCCATATGCCCATTTGCTGATCCGAGGTAATGGTGGTATTCTACCTTTCATGCCAGCGATCAACAATTTATCAATAGAGATTTCATTTTCCGTAGCTAACATATAGTAGCGTAAATATGTTTTATAAGAAATTCTCATCCGACATGCCCGTCATTAATAATATGTAGACGCTCTAATTAATAATCAATTATTGACTTTTTTAGAGATATTTGTAACTAGTTAACATGAAAAATTCATATAAAAATGCTAAGTCATCTTCTTATTTATATTTTTCTTGTTGACTAAATAAATTATCGATATAAAAATCATAACTGCTGACGGTGTAAAATACCCAGAACCTCTTAGCAAAAAATATATTATGCTCATTATTAAAACTATACTAAAAAACTTTATTTTTTTGTCATTGCATTTAAACCGCATGACACCTAAAAATAATGTATAAAGAAAAAAAATGCCCCCTAAGATACCAAATTCAACAATCAATTTAGAAATAAATAGTCCACCATCATATAAGTTAGAATCTGTATTCCCTCCCCTTAACCGCCCAATGATTGATACAAACTCTCCTCTTTCATTTGCATATCCCATATTTTGTAAACCATAACCAAGGCCATAGCTATCTCGCAACGCTAGATATGCTTGTTCATATCCAGATAATAAAGTTAATGTTGATGTATTTTTCGATTCTTGGCTTATATCTAATCGTTGCGAATAATAACTTAGTTTATCAATAGGTAAGATTCCAGCAATCAGCATACACGATGAAGATACGCAAATCATAATAATGAACATTGATTTAACTCTCATATAGTTTATAGCTATCGCTACAACAATACCTATAATCAATGTTAAATTCTGGACAATAAGAGCCGTAAATAAAAGAGGAATTCCATAGAGCAAATTTAATTTTTTCTGAGATATCTTATAGCAATAAAAGATTGTAACTATTAGTGCATAATGAGAGGGCTCAGTAAAAAACAACATTTCCTTTGAAGTGCTACTGCTTGATAATATAAAAAGAGATGACAATACCCCCAAAGCTATTAGTAATTTAAATAATTTTGATACTATTCTATCAAACTCCTGGTGAGTAATATTATCAATTGCCACCGATGAAAAATAACATGCGAGTAAAATATAAAATAAGAATAACAATGATGTAATATTCTTAGTGAAAGTAGTATTACCATTCTGAAATAGTAGACTACTTAACCCAAAATGAAACAATATTAGAAAAAAACTAATAACACTAAAAATTAAAAATGAATAACTTATAGTTAATTTATTAAAGCCAGAAATAACCACTAAAAATAATATTATAGTTGATATAAAGAAAATACCAATGAAATTCGAACCAACTTTATCATTTAACACCATTAACAGGCCTGGAACCAGCACCATTCCATAAAAAAATATTGAGGTCAGAACTTTATTAGTATTAAATTGCATTATAGTTAAACCTTATTATTCCTTTTAATTACAATAAAAAATTATATAGCATAAGTATTTTAATTTAAAACAATTAAACTTTTCGTACTTTTCGTAGTTCATGCTTTTAATAATAAACTATGTATCTCACCGAGAAATTCGCTATAACAAACGTAACACTATGCATTTTATATCTATATAAAATACAATAGGTAAGATATCATCTATTAGAATAAAATAAACTCTCGCCGGCAGATCGTCTAATTATAACCAAGAGTTTTATAAACATAGCCAGCTTTAAAAATAATAAAACTGAAAAAGAAATAATCATACCATAAGCAATGTAATTAATATTCGCGACCTTAAGTGCAATATAAAGAAAAGATGAAAACAGTAAAAAAGTTAAACACTGGCTCCAGACTATCATTTTATCTTTTCTTAGTGCATACAGACCCAGATGTGGTATAAGGCTTAAACAATATATAAACGTCGCCACAATTAGCAACTGAAATAGTGGAAGTAATTCCCAATATTCGATCTTTCCAATCCACTGAATGAGGATATAACCGGTAAAAAAACAACAAATACATAACAGAAGCGACACTGCTATTAATTTGAATGCGAATGACTTCATTCCAGCGATGAATCCAATGTAGTCCTTTCGATAACACAATTTTGCCAATTTTGGGAATGAAAAAGATATTAGGATCGTATCGAGGAAAGATTGTATAGCCGCCGTCATACTAATAAACAAAGTATATACACCAAGGATCTTTAGTCCAGCAATATGTTCAACGGCAAACCTATCAAATGTAAAAAAACCTCTGAGCGCCAAAGCGGCAATTAGCATTGGTGCGGAAAGGATAATTCCTCTCATTATCCAGCGCCAGCTAAATGGCGATGTAAACTTCCGTTTATTATTTTTTAGAATATAAAAAAAGCCCATTGCACTAGCACAGAATGTACCAAATAGCCATAATGTAAATACAATAAATAGATTTCTTGACGTAGGAAATAATAGCATAATGGCTATCACGAGCCAGCACCAAAGTCCTTGTCGTATAAACAACACAAGACTTGCGAAAGCTTGATTCTCGAGAGTTATTAATATTCTATTAATTTCTTGAGCTATATGTTCAAAAAAGAGAATAGCAAGAAACCAGTACTCACTTCCGTGGGGAAGAAAGGAATAATGTTGGATAACAATAAAAATGGGGATATAAAATATATATGATAATACATAAAAAAATGACTGATTTTTTAAAATAAAAAAAAGATCGTCACTTTTTGAGTTTATTATCTCTCTAGTACTATAAGTATAAAATTCAAATCCAATAGCAAAAATTGCGTAGCCCACAGCGGCGCTTATAAGACCATAGACTCCCAAATCTGATGATTGCAACAATTTTGCTAATAAAATTATAAACACAAACTTGCTTATCAAAGTAAAGCCACGTATACCTATACTTAAATAATATATAAAAAGAGATTTTTTCATTTGAATAAGCCAATAATGCTTAAAAATATCGTTAACATAATATTAAAAATAGGCCATATACTAATAGATAGCTTTTTAGAAGTTTACAGATCATAGAATGCTTTGAAGCCTAGATTAGCAGGATCATTTGATAAAAATGCTTTAATTATATCCACAATTCTATCTTTTACATTTTCCATAAAATATGGGTTTTTAGAGCTTTCTAGCTTAGAAATAAAAACTTTATCAGTCACACTCGAAATAGCTTCACGTATAGCATTTTTTTCACAAATAGTATCGACAACGCTTTCACCACGAATGCGCC
 >O-4_wzx
 GTGAAAGTTCAATTGTTAAAAATTCCGAGTCATTTAATTGTTGCAGGTTCATCATGGTTATCCAAAATAATAATTGCCGGGGTGCAGTTAGCAAGTATTTCATATCTTATTTCTATGCTAGGTGAAGAGAAATATGCAATCTTTAGTTTGTTAACTGGTTTATTAGTATGGTGTAGCGCTGTTGATTTTGGCATAGGTACAGGACTGCAAAATTATATATCAGAATGCAGAGCCAAAAACAAAAGTTATGATGCATATATTAAATCAGCATTACATCTAAGCTTTATAGCTATTATTTTTTTTATTGCTTTATTTTATATTTTTTCTGGGGTAATTTCCGCTAAATATCTTTCTTCTTTTCATGAGGTATTACAGGACAAAACCAGAATGCTCTTTTTTACCTCATGTCTGGTTTTCAGTTCTATTGGAATCGGAGCTATTGCTTATAAAATACTTTTTGCCGAATTGGTCGGGTGGAAAGCTAATCTATTAAACGCATTATCTTATATGATAGGTATGCTCGGCTTGCTATATATATACTATAGGGGGATCTCAGTTGACATAAAATTATCACTAATAGTCCTGTATCTTCCAGTGGGTATGATTTCATTGTGCTATATTGTATATAGATACATAAAGCTTTATCATGTTAAAACAACAAAATCTCATTATATAGCAATTTTACGTAGATCTTCAGGGTTTTTTCTTTTTACTTTATTATCGATAGTGGTGCTTCAAACAGATTATATGGTCATTTCTCAAAGGCTAACTCCTGCTGATATTGTTCAATATACAGTAACGATGAAAATTTTTGGTTTAGTCTTTTTTATTTATACTGCTATTTTGCAAGCATTATGGCCTATATGTGCTGAATTGAGAGTCAAACAGCAATGGAAAAAACTTAACAAAATGATAGGTGTCAATATTTTGCTTGGCTCACTATATGTTGTTGGATGTACAATATTTATTTATTTATTTAAAGAACAGATATTTTCAGTAATAGCCAAAGATATTAATTATCAAGTTTCTATTTTATCTTTTATGTTAATTGGCATATATTTCTGTATTCGCGTTTGGTGTGACACTTATGCAATGTTATTGCAAAGTATGAATTATTTAAAAATACTTTGGATATTAGTACCACTACAAGCAATAATTGGTGGAATAGCACAATGGTATTTTTCTAGTACGCTTGGAATCAGTGGAGTGCTGCTTGGCTTGATTATATCTTTTGCTTTAACTGTTTTTTGGGGGCTTCCACTAACTTACTTAATTAAGGCAAATAAGGGATAA
 >O-50_wzy

debian/changelog

+seqsero (1.0.1+dfsg-1) unstable; urgency=medium
+
+  * New upstream version
+  * Standards-Version: 4.2.1
+
+ -- Andreas Tille <tille@debian.org>  Mon, 03 Sep 2018 19:33:13 +0200
+
 seqsero (1.0-2) unstable; urgency=medium
 
   * Standards-Version: 4.1.4

debian/control

@@ -8,7 +8,7 @@ Build-Depends: debhelper (>= 11~),
                python,
                bwa,
                sra-toolkit
-Standards-Version: 4.1.4
+Standards-Version: 4.2.1
 Vcs-Browser: https://salsa.debian.org/med-team/seqsero
 Vcs-Git: https://salsa.debian.org/med-team/seqsero.git
 Homepage: https://github.com/denglab/SeqSero

debian/patches/fix_usage.patch

@@ -13,4 +13,4 @@ Description: In Debian you do not call the Python script but
 +  parser = argparse.ArgumentParser(usage='seqsero -m <data_type> -i <input_data> [-b <BWA_algorithm>]\n\nDeveloper: Shaokang Zhang (zskzsk@uga.edu) and Xiangyu Deng (xdeng@uga.edu)\n\nContact email:seqsero@gmail.com')
    parser.add_argument("-m", choices=['1','2','3', '4'],help="<int>: '1'(pair-end reads, interleaved),'2'(pair-end reads, seperated),'3'(single-end reads), '4'(assembly)")
    parser.add_argument("-i", nargs="+", help="<string>: path/to/input_data")
-   parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem'],default="sam",help="<string>: 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=sam") 
+   parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem','nanopore'],default="sam",help="<string>: 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=sam")

libs/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py

@@ -72,12 +72,16 @@ def BWA_analysis(sra_name,additional_file,database,mapping_mode,file_mode,z):
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai)
       os.system("bwa sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
   else:
     if mapping_mode=="mem":
       os.system("bwa mem database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23
     elif mapping_mode=="sam":
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) 
   os.system("samtools view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam)
   os.system("samtools view -h -o "+sam+" "+bam)
   file=open(sam,"r")
@@ -376,12 +380,16 @@ def assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,databa
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai)
       os.system("bwa sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) 
   else:
     if mapping_mode=="mem":
       os.system("bwa mem database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23
     elif mapping_mode=="sam":
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam)
   
   os.system("samtools view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam)
   os.system("samtools view -h -o "+sam+" "+bam)

libs/BWA_analysis_O_new_dependent.py

@@ -93,12 +93,16 @@ def BWA_O_analysis(sra_name,additional_file,database,mapping_mode,file_mode):
       os.system("bwa sampe "+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
     elif mapping_mode=="mem":
       os.system("bwa mem "+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23
+    elif mapping_mode=="nanopore": ##
+      os.system("bwa mem -x ont2d "+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)##
   else:
     if mapping_mode=="mem":
       os.system("bwa mem "+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23
     elif mapping_mode=="sam":
       os.system("bwa aln "+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa samse "+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":##
+      os.system("bwa mem -x ont2d "+database+" "+for_fq+" > "+sam)##
   os.system("samtools view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam)
   os.system("samtools view -h -o "+sam+" "+bam)
 
@@ -150,6 +154,7 @@ def BWA_O_analysis(sra_name,additional_file,database,mapping_mode,file_mode):
         if "sdf" in x[0] and x[1]>3:#
           qq=0#
           print "$$$",x[0],"got a hit, reads:",x[1]#
+          final_O.remove(x)
       if qq!=0:#
         print "$$$No sdf exists"#
 
@@ -194,6 +199,8 @@ def assembly(sra_name,potential_choice,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,map
     elif mapping_mode=="sam":
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":##
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam)##
   else:
     if mapping_mode=="mem":
       os.system("bwa mem database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23
@@ -201,6 +208,8 @@ def assembly(sra_name,potential_choice,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,map
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai)
       os.system("bwa aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai)
       os.system("bwa sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
+    elif mapping_mode=="nanopore":
+      os.system("bwa mem -x ont2d database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam)
   os.system("samtools view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam)
   os.system("samtools view -h -o "+sam+" "+bam)
   os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>0) {print $10}}'>"+sam+"_seq.txt")